Eu sempre fiz as codificações com o carro ligado (motor funcionando), seguindo recomendação do fórum americano, e nunca tive problemas.
Se apenas deixar o carro ligado (motor desligado), corre o risco do dispositivo de segurança da bateria cortar a energia no meio da codificação e o resultado pode ser pior. Ou, para evitar que isso aconteça, você acaba fazendo a codificação "correndo" e pode esquecer de algum passo importante.